Enredo: Se passa décadas depois do fim de Yu-Gi-Oh GX. Yu-Gi-Oh! 5D's mostra que os duelos avançaram bastante, ganhando um novo aspecto, sendo chamados de Riding Duels, sendo jogados em grandes estádios, e os duelistas andam em D-Wheels (um tipo de motocicleta), duelando neles. Mas esses duelos especiais são mais difíceis que os normais, como não poder usar cartas mágicas normais, e sim as Speed Spells, que são usadas de acordo com os Speed Counters do jogador. A cidade mudou muito também, ficou mais futurística, sendo chamada de Neo Domino City, guiada pelo Rex Godwin, seu líder. A história começa quando Yusei Fudo tem seu D-Wheel e sua carta Stardust Dragon roubados pelo seu rival Jack Atlus. Ele vai atrás de Jack para recuperá-los saindo da sua cidade Satellite, que é a parte pobre de Neo Domino City.
Eles se encontram, e acabam duelando. Eles invocam seus dois monstros mais fortes. No choque dos dois, aparece o dragão mais poderoso do anime, o dragão vermelho, interrompendo o duelo. A partir daí é revelado que os dois são signatários por possuírem dragões e marcas com partes de dragão, sendo que existem 5 deles. Após o final da primeira temporada, Crow se torna o quinto signatário, e seu dragão só é descoberto no episódio 94.
Evolução dos duelos: Os duelos em Yu-Gi-Oh 5D's também são realizados em discos de duelo como em Yu-Gi-Oh! Duel Monsters e Yu-Gi-Oh GX, mas também está sendo introduzido um novo tipo de duelo, os Riding Duels, que são duelos em um tipo de motocicletas chamadas de D-Wheels.
Cartas Synchro:Além dos monstros normais e de efeitos, das armadilhas, das cartas mágicas, monstros de fusão e de monstros de ritual, agora também tem as cartas Tuner, um novo tipo de monstro de efeito, e Synchro, um novo tipo de monstros que ficam no baralho extra (antes conhecido como baralho de fusão pois era aonde as fusões ficavam) além das fusões. Os monstros Synchro têm a cor da carta branca. Os monstros Synchro requerem um Tuner + 1 ou mais monstros não-Tuners para serem invocados, a soma das estrelas do Tuner + o monstro sacrificado têm que dar um total exato (não mais, não menos) de estrelas iguais à do monstro Synchro. Também existem os Dark Synchro e Dark Tuner, que são versões malignas dos Synchro e Tuner, respectivamente (não são simplesmente Synchros e Tuners com o atributo DARK, apesar da maioria dos Dark Synchros e Tuners serem do atributo DARK). A diferença é que um Dark Synchro tem o número de estrelas negativo, então deve se subtrair, não somar, o número de estrelas do Tuner e do monstro a ser sacrificado. Os Dark Synchro têm a cor da carta preta. Os Dark Synchro e Tuners só existem no anime, não no TGC, apesar de existirem monstros que no anime são Dark Synchro mas que foram lançados no TGC como Synchros normais.
Personagens:
Yusei Fudo:Ele é o principal da série, nasceu em Tops e os seus pais trabalhavam na M.I.D.S a equipe que estudava o Momentum a fonte de energia de Neo Domino City.Yusei fazia parte do grupo satisfaction junto com Crow,Jack e o líder Kiryu.Ele é um pouco frio mas se importa muito com seus amigos. Seu baralho é de querreiros como Speed Warrior,Turret Warrior,Shild Warrior,seus monstros Synchro são: Junk Warrior, Nitro Warrior, Turbo Warrior, Road Warrior, Drill Warrior, Stardust Dragon etc.Crow Hogan:Amigo de Yusei também fazia parte do Satisfaction.Seu deck e composto pela linha de cartas Black Feather.
Signatários
Signatários são as 6 pessoas que nasceram com uma marca de uma parte de um dragão e uma carta de Dragão.Yusei Fudo: No começo da série é mostrado que ele possui a marca da cauda do dragão, porém, no final da segunda temporada, na luta contra Godwin, sua marca é trocada, ele ganha a marca da cabeça do dragão.Antes a marca da cabeça pertencia a Rudger Goodwin.Yusei possui o Stardust Dragon.
Jack Atlus: Possui a marca das asas e torso do dragão e possui o Red Demon's Dragon.
Luna: Irmã gêmea de Leo. Possui a marca da pata direita do dragão e possui o Ancient Fairy Dragon.
Leo: Irmão gêmeo da Luna. Ganha a marca do coração do dragão no duelo contra Aporia. Seu dragão é Life Stream Dragon.
Aki Izayoi: Também conhecida como a Bruxa da Rosa Negra. Tem a marca da pata esquerda do dragão e possui o Black Rose Dragon. Possui poderes de causar dano de batalha real em seu oponente.
Crow Hogan: ganha a marca da cauda do dragão no duelo contra Rex Godwin. Anteriormente esta marca pertencia a Yusei Fudo.Seu dragão é Black Feather Dragon.
Signatários das Trevas
Signatários negros são as 7 pessoas que passaram a obter uma marca negra e um Earthbound Immortal.Rex Goodwin: possui a marca de um condor, é o mais forte dos Signatários das trevas. Possui a carta Earthbound Immortal Wiraqocha Rasca.
Carly Carmine: possui a marca de um beija-flor e possui o Earthbound Immortal Aslla Piscu.
Misty Tredwell: possui a marca de um lagarto e possui uma carta chamada Earthbound Immortal Ccarayhua.
Rudger Goodwin: é o irmão mais velho de Rex Goodwin tem a marca de uma aranha e tem a carta Earthbound Immortal Uru
Boomer: possui a marca de uma baleia e tem a carta Earthbound Immortal Chacu Challhua.
Kiryu: era o o líder do grupo Satisfaction e ex-amigo de Yusei. Possui a marca do gigante e tem a carta Earthbound Immortal Ccapac Apu.
Demak: possui a marca do Macaco e tem a carta Earthbound Immortal Cusillu.
Duelistas Psíquicos
São duelistas paranormais que tem o poder de trazer os efeitos das cartas e o ataque dos monstros para o mundo real . Atá agora só apareceram 3 deles:Sayer: melhor "amigo" de Akiza e culpado pela morte de Toby Tredwell. Também foi morto pela Misty Tredwell (pois ela mandou Ccarayhua engolir Sayer).
Toby Tredwell: irmão mais novo de Misty Tredwell foi morto pelo Sayer e todos acham que quem o matou foi Akiza.
Aki Izayoi: também conhecida como a Bruxa da Rosa Negra. Tem a marca da pata esquerda dragão e possui o Black Rose Dragon.







